Шпаргалка по Conda - Параметры командной строки Anaconda

Забыли параметры команд conda?

Содержимое страницы

Вот шпаргалка по Conda, которую я собрал некоторое время назад… Эта шпаргалка по Conda охватывает наиболее важные команды и советы по управлению окружениями, пакетами и каналами которые я нашел полезными.

Спящий conda

Установка и обновление Conda

Проверка установки Conda и версии:
```
conda info
```
Обновление Conda:
```
conda update conda
```
Обновление метапакета Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Управление окружениями

Создание нового окружения:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Указание версии Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Создание с конкретными пакетами

Активация окружения:

conda activate my_env  # На Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # На Linux, OS X (устаревший синтаксис)

Деактивация окружения:
```
conda deactivate
```
Список всех окружений:
```
conda env list
conda info --envs
```

Клонирование окружения:

conda create --clone old_env --name new_env

Переименование окружения:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Удаление окружения:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Список ревизий окружения:
```
conda list --revisions
```
Восстановление окружения до ревизии:
```
conda install --rev 3  # Откат к ревизии 3
```

Управление пакетами

Список установленных пакетов:

conda list
conda list -n my_env  # Список пакетов в конкретном окружении

Установка пакета:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Установка из конкретного канала
conda install package_name=1.2.3  # Установка конкретной версии

Обновление всех пакетов в окружении:
```
conda update --all
```

Удаление пакета:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Удаление из конкретного окружения

Поиск пакетов:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Поиск в конкретном канале

Работа с каналами

Список каналов:
```
conda config --show channels
```

Добавление канала:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Добавление с наивысшим приоритетом
conda config --append channels bioconda  # Добавление с наименьшим приоритетом

Установка приоритета каналов:
```
conda config --set channel_priority strict
```

Экспорт и импорт окружений

Экспорт окружения в YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Экспорт только явно запрошенных пакетов

Импорт окружения из YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Экспорт окружения в текстовый файл:
```
conda list --export > requirements.txt
```
Импорт окружения из текстового файла:
```
conda create --name my_env --file requirements.txt
```

Дополнительные команды

Получение справки по команде:
```
conda -h
conda install -h
```
Очистка ненужных файлов:
```
conda clean --all
```

Изучение конфигурации Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (опционально)

Mamba — это более быстрая альтернатива Conda, но у нее есть некоторые ограничения, особенно в отношении ревизий окружений.

Установка Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Использование Mamba вместо Conda: Большинство команд одинаковы, но Mamba не поддерживает откат ревизий окружений[2][4].

Советы

Создавайте описательные имена окружений: Помогает в управлении несколькими окружениями.
Активируйте окружение перед установкой пакетов: Гарантирует, что пакеты будут установлены в правильное окружение.
Используйте конкретные каналы для пакетов: Гарантирует, что вы получите пакеты из нужных источников.
Избегайте конфликтов зависимостей: Устанавливайте все программы в окружении одновременно[5].