Folha de Dicas do Conda - Parâmetros da Linha de Comando do Anaconda

Esqueceu os parâmetros dos comandos do conda?

Conteúdo da página

Aqui está um Conda Cheatsheet que compilei há algum tempo… Este Conda Cheatsheet abrange os comandos e dicas mais essenciais para gerenciar ambientes, pacotes e canais que encontrei úteis.

Conda dormindo

Instalando e Atualizando Conda

Verificar a instalação e a versão do Conda:
```
conda info
```
Atualizar o Conda:
```
conda update conda
```
Atualizar o pacote meta Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Gerenciando Ambientes

Criar um novo ambiente:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Especificar a versão do Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Criar com pacotes específicos

Ativar um ambiente:

conda activate my_env  # Em Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Em Linux, OS X (sintaxe mais antiga)

Desativar um ambiente:
```
conda deactivate
```
Listar todos os ambientes:
```
conda env list
conda info --envs
```

Clonar um ambiente:

conda create --clone old_env --name new_env

Renomear um ambiente:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Excluir um ambiente:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Listar revisões de um ambiente:
```
conda list --revisions
```

Restaurar um ambiente a uma revisão:

conda install --rev 3  # Reverter para a revisão 3

Gerenciando Pacotes

Listar pacotes instalados:

conda list
conda list -n my_env  # Listar pacotes em um ambiente específico

Instalar um pacote:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Instalar de um canal específico
conda install package_name=1.2.3  # Instalar uma versão específica

Atualizar todos os pacotes em um ambiente:
```
conda update --all
```

Desinstalar um pacote:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Desinstalar de um ambiente específico

Buscar pacotes:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Buscar em um canal específico

Trabalhando com Canais

Listar canais:
```
conda config --show channels
```

Adicionar um canal:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Adicionar com prioridade mais alta
conda config --append channels bioconda  # Adicionar com prioridade mais baixa

Definir a prioridade dos canais:

conda config --set channel_priority strict

Exportando e Importando Ambientes

Exportar um ambiente para YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exportar apenas os pacotes especificamente solicitados

Importar um ambiente a partir de YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exportar um ambiente para um arquivo de texto:
```
conda list --export > requirements.txt
```
Importar um ambiente a partir de um arquivo de texto:
```
conda create --name my_env --file requirements.txt
```

Comandos Adicionais

Obter ajuda para um comando:
```
conda -h
conda install -h
```
Limpar arquivos não utilizados:
```
conda clean --all
```

Examinar a configuração do Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Opcional)

Mamba é uma alternativa mais rápida ao Conda, mas tem algumas limitações, especialmente em relação a revisões de ambientes.

Instalar o Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Usar o Mamba de forma intercambiável com o Conda: A maioria dos comandos é a mesma, mas o Mamba não suporta reverter revisões de ambientes[2][4].

Dicas

Crie nomes descritivos para os ambientes: Ajuda no gerenciamento de múltiplos ambientes.
Ative o ambiente antes de instalar pacotes: Garante que os pacotes sejam instalados no ambiente correto.
Use canais específicos para pacotes: Garante que você obtenha os pacotes das fontes desejadas.
Evite conflitos de dependências: Instale todos os programas no ambiente ao mesmo tempo[5].