Hoja de referencia de Conda - parámetros de línea de comandos de Anaconda

¿Olvidó los parámetros de los comandos de conda?

Índice

Aquí tienes una Guía Rápida de Conda que he compilado hace algún tiempo… Este Guía Rápida de Conda cubre los comandos y consejos más esenciales para gestionar entornos, paquetes y canales que he encontrado útiles.

Conda durmiendo

Instalación y Actualización de Conda

Verificar la instalación y la versión de Conda:
```
conda info
```
Actualizar Conda:
```
conda update conda
```
Actualizar el paquete meta de Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Gestión de Entornos

Crear un nuevo entorno:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Especificar la versión de Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Crear con paquetes específicos

Activar un entorno:

conda activate my_env  # En Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # En Linux, OS X (sintaxis antigua)

Desactivar un entorno:
```
conda deactivate
```
Listar todos los entornos:
```
conda env list
conda info --envs
```

Clonar un entorno:

conda create --clone old_env --name new_env

Renombrar un entorno:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Eliminar un entorno:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Listar revisiones de un entorno:
```
conda list --revisions
```

Restaurar un entorno a una revisión:

conda install --rev 3  # Retroceder a la revisión 3

Gestión de Paquetes

Listar paquetes instalados:

conda list
conda list -n my_env  # Listar paquetes en un entorno específico

Instalar un paquete:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Instalar desde un canal específico
conda install package_name=1.2.3  # Instalar una versión específica

Actualizar todos los paquetes en un entorno:
```
conda update --all
```

Desinstalar un paquete:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Desinstalar de un entorno específico

Buscar paquetes:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Buscar en un canal específico

Trabajar con Canales

Listar canales:
```
conda config --show channels
```

Añadir un canal:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Añadir con mayor prioridad
conda config --append channels bioconda  # Añadir con menor prioridad

Establecer la prioridad de los canales:

conda config --set channel_priority strict

Exportar e Importar Entornos

Exportar un entorno a YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exportar solo los paquetes solicitados explícitamente

Importar un entorno desde YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exportar un entorno a un archivo de texto:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importar un entorno desde un archivo de texto:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Comandos Adicionales

Obtener ayuda para un comando:
```
conda -h
conda install -h
```
Limpiar archivos no utilizados:
```
conda clean --all
```

Examinar la configuración de Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Opcional)

Mamba es una alternativa más rápida a Conda, pero tiene algunas limitaciones, especialmente en cuanto a revisiones de entornos.

Instalar Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Usar Mamba intercambiablemente con Conda: La mayoría de los comandos son los mismos, pero Mamba no admite retroceder en revisiones de entornos[2][4].

Consejos

Crear nombres descriptivos para los entornos: Ayuda a gestionar múltiples entornos.
Activar el entorno antes de instalar paquetes: Asegura que los paquetes se instalen en el entorno correcto.
Usar canales específicos para paquetes: Asegura que obtengas los paquetes de las fuentes deseadas.
Evitar conflictos de dependencias: Instala todos los programas en el entorno al mismo tiempo[5].