Conda Cheatsheet - Anaconda kommandoradsparametrar - de mest användbara conda-kommandona

Glömt conda-kommandoparametrarna?

Sidinnehåll

Här är en Conda-snabbguide som jag sammanställt för något tid sedan… Den här Conda-snabbguiden täcker de viktigaste kommandona och tipsen för att hantera miljöer, paket och kanaler som jag hittat användbara.

Sömnande conda

Titta på uv - Ny Python-paket, projekt- och miljöhanterare

Installera och uppdatera Conda

Verifiera Conda-installation och version:
```
conda info
```
Uppdatera Conda:
```
conda update conda
```
Uppdatera Anaconda Meta-paket:
```
conda update anaconda
```

Hantera miljöer

Skapa en ny miljö:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Ange Python-version
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Skapa med specifika paket

Aktivera en miljö:

conda activate my_env  # På Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # På Linux, OS X (äldre syntax)

Avaktivera en miljö:
```
conda deactivate
```
Lista alla miljöer:
```
conda env list
conda info --envs
```

Klona en miljö:

conda create --clone old_env --name new_env

Byt namn på en miljö:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Radera en miljö:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Lista revisioner av en miljö:
```
conda list --revisions
```

Återställ miljö till en revision:

conda install --rev 3  # Återgå till revision 3

Hantera paket

Lista installerade paket:

conda list
conda list -n my_env  # Lista paket i en specifik miljö

Installera ett paket:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Installera från en specifik kanal
conda install package_name=1.2.3  # Installera en specifik version

Uppdatera alla paket i en miljö:
```
conda update --all
```

Avinstallera ett paket:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Avinstallera från en specifik miljö

Sök efter paket:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Sök i en specifik kanal

Arbeta med kanaler

Lista kanaler:
```
conda config --show channels
```

Lägg till en kanal:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Lägg till med högst prioritet
conda config --append channels bioconda  # Lägg till med lägst prioritet

Ställ in kanalprioritet:

conda config --set channel_priority strict

Exportera och importera miljöer

Exportera miljö till YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exportera endast explicit efterfrågade paket

Importera miljö från YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exportera miljö till textfil:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importera miljö från textfil:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Ytterligare kommandon

Få hjälp för ett kommando:
```
conda -h
conda install -h
```
Rensa upp oanvända filer:
```
conda clean --all
```

Examinera Conda-konfiguration:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Valfritt)

Mamba är en snabbare alternativ till Conda, men den har vissa begränsningar, särskilt vad gäller miljörevisoner.

Installera Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Använd Mamba tillämpligt med Conda: De flesta kommandon är desamma, men Mamba stöder inte att återgå till miljörevisoner.

Tips

Skapa beskrivande miljönamn: Hjälper till vid hantering av flera miljöer.
Aktivera miljö innan du installerar paket: Garanterar att paket installeras i rätt miljö.
Använd specifika kanaler för paket: Garanterar att du får paketen från önskade källor.
Undvik beroendekonflikter: Installera alla program i miljön samtidigt.