Conda-Cheatsheet - Anaconda-Befehlszeilenparameter - nützlichste Conda-Befehle

Die conda-Befehlsparameter vergessen?

Inhaltsverzeichnis

Hier ist ein Conda-Cheatsheet, das ich vor einiger Zeit erstellt habe… Dieses Conda-Cheatsheet behandelt die wichtigsten Befehle und Tipps zur Verwaltung von Umgebungen, Paketen und Kanälen die ich nützlich gefunden habe.

Schlafendes Conda

Werfen Sie einen Blick auf den uv - Neuer Python-Paket-, Projekt- und Umgebungsmanager

Installation und Aktualisierung von Conda

Conda-Installation und -Version überprüfen:
```
conda info
```
Conda aktualisieren:
```
conda update conda
```
Anaconda-Metapaket aktualisieren:
```
conda update anaconda
```

Verwaltung von Umgebungen

Neue Umgebung erstellen:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Python-Version angeben
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Mit bestimmten Paketen erstellen

Umgebung aktivieren:

conda activate my_env  # Auf Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Auf Linux, OS X (ältere Syntax)

Umgebung deaktivieren:
```
conda deactivate
```
Alle Umgebungen auflisten:
```
conda env list
conda info --envs
```

Umgebung klonen:

conda create --clone old_env --name new_env

Umgebung umbenennen:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Umgebung löschen:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Revisionen einer Umgebung auflisten:
```
conda list --revisions
```

Umgebung auf eine Revision zurücksetzen:

conda install --rev 3  # Zurückrollen auf Revision 3

Verwaltung von Paketen

Installierte Pakete auflisten:

conda list
conda list -n my_env  # Pakete in einer bestimmten Umgebung auflisten

Paket installieren:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Installieren aus einem bestimmten Kanal
conda install package_name=1.2.3  # Eine bestimmte Version installieren

Alle Pakete in einer Umgebung aktualisieren:
```
conda update --all
```

Paket deinstallieren:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Deinstallieren aus einer bestimmten Umgebung

Nach Paketen suchen:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # In einem bestimmten Kanal suchen

Arbeiten mit Kanälen

Kanäle auflisten:
```
conda config --show channels
```

Kanal hinzufügen:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Mit höchster Priorität hinzufügen
conda config --append channels bioconda  # Mit niedrigster Priorität hinzufügen

Kanalpriorität festlegen:

conda config --set channel_priority strict

Exportieren und Importieren von Umgebungen

Umgebung in YAML exportieren:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Nur explizit angeforderte Pakete exportieren

Umgebung aus YAML importieren:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Umgebung in TEXT-Datei exportieren:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Umgebung aus TEXT-Datei importieren:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Zusätzliche Befehle

Hilfe für einen Befehl erhalten:
```
conda -h
conda install -h
```
Nicht verwendete Dateien bereinigen:
```
conda clean --all
```

Conda-Konfiguration untersuchen:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Optional)

Mamba ist eine schnellere Alternative zu Conda, hat aber einige Einschränkungen, insbesondere bei Umgebungsrevisionen.

Mamba installieren:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Mamba austauschbar mit Conda verwenden: Die meisten Befehle sind dieselben, aber Mamba unterstützt kein Zurückrollen von Umgebungsrevisionen.

Tipps

Beschreibende Umgebungsnamen erstellen: Hilft bei der Verwaltung mehrerer Umgebungen.
Umgebung vor der Paketinstallation aktivieren: Stellt sicher, dass Pakete in der richtigen Umgebung installiert werden.
Spezifische Kanäle für Pakete verwenden: Stellt sicher, dass Sie die Pakete aus den gewünschten Quellen erhalten.
Abhängigkeitskonflikte vermeiden: Installieren Sie alle Programme in der Umgebung gleichzeitig.